Biserica Stravropoleos a fost ridicata in 1724, in timpul celei de-a doua domnii in Tara Romaneasca a lui Nicolae Mavrocordat (1719-1730) de catre arhimandritul Ioanichie. Nascut in satul Ostanitza in eparhia Pogoniana (Epir), Ioanichie a venit in Tara Romaneasca din Grecia de la Manastirea Gura, metoc al Mitropoliei Pogoniana.

In incinta hanului cu doua niveluri ce se afla in proprietatea lui, Ioanichie a construit actuala biserica, zidind o manastire, ce era sustinuta economic de catre han, o situatie frecventa in epoca.

In 1726 egumenul Ioanichie a fost ales mitropolit al Stavropolei si exarh al tinutului Caria. Tot de atunci, manastirea pe care a construit-o a fost numita Stavropoleos, dupa numele vechii mitropolii.

Din constructia initiala a incintei manastirii si hanului s-a pastrat numai biserica, una dintre cele mai reprezentative ctitorii post brancovenesti.

Celelalte cladiri sunt rezultatul unui vast proiect de restaurare si constructie inceput in 1897 dupa planurile arhitectului Ion Mincu.